1、真菌性殺菌劑一般都不能與鹼性製劑混用。而細菌性殺菌劑很多都是無機銅製劑（如波爾多液等），是不能與殺真菌的製劑同時使用。如果非無機銅製劑就可混用。一般產品的包裝上也會有詳細的使用注意事項說明的。2、中生菌素和多菌靈、代森鋅能同時使用。

殺菌劑和各種菌類製劑不能混配使用。殺菌劑主要靶標就是各種微生物，這些殺菌劑能夠抑制病原孢子萌發或殺死萌發的病原孢子，以保護植物免受其害，或者從植物表皮滲入植物組織內部，經輸導、擴散、或產生代謝物來殺死或抑制病原，使病株不再受害，並恢復健康。還有的能夠在植物感病後能直接殺死已侵入植物的病原物細菌真菌等等；而菌類製劑主要是指各種有益菌製品，透過增加有益菌的菌群數量來抑制有害菌的生長，從而達到一種有益菌壓制有害菌的長期動態平衡之中，從而長期穩定的發揮作用。如果殺菌劑和菌類製劑混配使用，首先會降低殺菌劑的藥效，殺菌劑與菌類製劑中的微生物進行作用，使其藥效降低，與此同時，殺菌劑也殺死了菌類製劑中的有效成分，導致其作用大大下降，因此，兩類不能混用。