研究物件不同。

自然科學研究自然界，社會科學研究社會，主要是人的行為。

這導致第二個不同。

自然科學的結論很多可以透過實驗重複和證偽，而社會現象很難重複，因此社會科學很難透過實驗檢驗，很多情況下只能通過歷史資料檢驗，但因為場景不同，因此統計方法要花了很大功夫研究。某種意義上，社會科學是研究歷史的。

這導致第三個不同。

自然科學由於可重複，發現的規律可以透過技術和工程很快得以實施，而且可以檢驗其效果。而社會科學的結論形成的政策和管理手段很多無法在較短時間內發現其實施效果，要相當長時間才能確定其價值。因此，諾貝爾經濟學獎得主普遍年齡偏大。

第四個不同。

人同時追求情感和邏輯。在邏輯和情感之間，形成了一系列的學科，一端是自然科學，如物理化學，另一端是人文藝術，如繪畫文學，而社會科學介於二者之間。經濟學是典型的分水嶺，早期經濟學叫政治經濟學，包括邏輯和價值兩部分，後期改叫經濟學，主要追求邏輯，就似乎變得科學了，還設立了諾貝爾經濟學獎，被稱為社會科學王冠上的明珠。政治學，社會學也有類似的過程，甚至包括歷史學。