大鱷龜與小鱷龜的區別有:

⒈頭部，大鱷的頭比較尖，小鱷龜的頭則比較圓。大鱷龜上頜似鷹嘴狀，鉤大；小鱷龜上頜似鉤狀，但鉤小。大鱷龜能扭頭突然襲擊其它動物；小鱷龜能連同身體扭頭轉向尋找攻擊目標，甚至追咬。

⒉嘴部，大鱷龜的嘴部比小鱷龜的要長，舌頭為紅色的結構，小鱷龜則沒有這些特徵。

⒊背甲，大鱷龜的背甲甲峰很明顯，而小鱷龜的甲峰則不明顯，近乎平背，背甲看起來比較圓。大鱷龜的背甲上有3條凸起的縱走稜脊，褐色，每塊盾片均有突起物，腹甲棕色，具上緣盾，小鱷龜的背甲棕黃色或黑褐色，有3條縱行稜脊，肋盾略隆起，隨著時間推移稜脊逐漸磨耗。

4.腹部，大鱷龜的腹部有無數觸鬚，小鱷龜的的腹部僅有少量觸鬚，腹甲灰白色，無上緣盾。

⒌尾部，大鱷龜的尾較長，小鱷龜的尾較短，尾的背面有一鋸齒形脊，又稱尾棘。

⒍生長速度不同。大鱷龜和小鱷龜生長速度的差異主要是習性不同造成的，大鱷龜性情懶惰，不善於主動攝食，靠酷似蚯蚓的“舌頭”引誘小魚小蝦“上鉤”進行捕食；小鱷龜能主動攝食，生長速度比大鱷龜自然要快一些。