1、功能不同程序是計算機中的程式關於某資料集合上的一次執行活動，是系統進行資源分配和排程的基本單位，是作業系統結構的基礎。執行緒是作業系統能夠進行運算排程的最小單位。它被包含在程序之中，是程序中的實際運作單位。

2、工作原理不同在早期面向程序設計的計算機結構中，程序是程式的基本執行實體；在當代面向執行緒設計的計算機結構中，程序是執行緒的容器。程式是指令、資料及其組織形式的描述，程序是程式的實體。執行緒是獨立排程和分派的基本單位。執行緒可以為作業系統核心排程的核心執行緒，如Win32執行緒；由使用者程序自行排程的使用者執行緒，如Linux平臺的POSIX Thread；或者由核心與使用者程序，如Windows 7的執行緒，進行混合排程。

3、作用不同程序是作業系統中最基本、重要的概念。是多道程式系統出現後，為了刻畫系統內部出現的動態情況，描述系統內部各道程式的活動規律引進的一個概念,所有多道程式設計作業系統都建立在程序的基礎上。通常在一個程序中可以包含若干個執行緒，它們可以利用程序所擁有的資源。在引入執行緒的作業系統中，通常都是把程序作為分配資源的基本單位，而把執行緒作為獨立執行和獨立排程的基本單位。