花椒也有病蟲害，需要打藥。一年四季根據害蟲來打：；天牛。在立秋後出現，幼蟲蛀食枝幹，嚴重時造成整株死亡。防治方法：在秋季採收花椒時，將蟲梢徹底剪除燒燬或用鐵絲鉤殺，再用棉花沾上煤油或巴丹粉混合液堵塞蟲蛀孔；鳳蝶。成蟲產卵於嫩芽或嫩葉背面，危害葉子，成鋸齒狀。防治方法：冬季剪枝時注意殺蛹，夏季撲殺成蟲，在植株上噴蚍酸鋁毒殺幼蟲；蚜蟲。主要危害樹葉。防治方法是：在10月中、下旬清除地中、樹穴、石縫雜草，消除越冬場所，每年4月中旬用1500倍液樂果乳劑灑射植株；葉鏽病。主要危害葉片，高溼的夏秋季容易發病，發病初期椒葉面部呈圓形淡黃色病斑，以後病斑顏色逐漸加深呈黃褐色並有粉末狀橙紅色孢子產生。防治方法：6～8月噴施1～2次0.3～0.5度的石硫合劑或1000倍液甲基託布津。冬季結合修剪將落葉和樹冠下的雜草剷除燒燬，同時噴灑2～3度石硫合劑；根腐病。花椒幼苗，成年椒樹染病後，地下根部呈水腫狀，根皮易脫落，並有異臭味。防治方法：苗圃地應選擇排水良好的沙質土地，苗床應做高廂，並注意排水。不在有根腐病的土壤內育苗。