工程備料款是建設單位為了保證施工生產的順利進行而預支給施工企業的一部分墊款。當施工進行到一定程度之後，材料和構配件的儲備量將隨工程的進行而減少，需要的工程備料款也隨之減少，在此後辦理工程價款結算時，即可以開始扣還工程備料款。工程備料款的扣還是隨工程價款的結算，以衝減工程價款的方法逐漸抵扣，待到工程竣工時，全部工程備料款抵扣完畢。工程施工進行到什麼時候開始扣還工程備料款，每次辦理工程價款結算時抵扣的數額大小都應合理的予以確定。工程備料款開始扣還得太早，或每次扣還數額過大，會給未來工程施工生產帶來困難;扣還太遲或數額過小，則不利於建設資金的管理和流動。

工程預付備料款在實際工程中，回扣方法是由雙方透過合同形式予以約定的，也可針對工程實際情況具體處理。如有些工程工期較短、造價較低，就無需分期扣還；有些工期較長，如跨年度工程，其備料款的佔用時間很長，根據需要可不扣或少扣，具體扣款方式有：

1、在第一筆進度款中扣除；

2、結算時一併扣除；

3、根據進度款按比例扣除；

4、在起扣點（未施工工程主要材料或構配件價值相當於預付款時）進行扣除。