目前人工栽培的雙孢蘑菇依據子實體顏色可分為白色、棕色和奶白色三個品系。白色品系因頗受市場歡迎，因此在世界各國廣泛栽培。近年來，由於新的棕色品種菇味濃厚而栽培面積有所增加。依據菌絲在瓊脂培養基上的生長形態特徵又可將雙孢蘑菇品種分為氣生型和貼生型兩類。這兩類品種各有優點，所以近年來的新品種多數是氣生型和貼生型的雜交型品種。

目前國際上常用的品種主要是Sylvan、Amycel和Le Lion三大菌種公司的品種，如Sylvan公司的A12、A15、Amycel公司的2100等。

中國目前主要的品種是福建輕工研究所育成的As2796、As3003、閩1號，以及前幾年使用的蘑菇176、浙農1號等。此外，有一些公司、企業從國外引進供自己使用的一些品種，如F56、F62。

由於雙孢蘑菇特殊的次級同宗配合生物史的特性，使得雙孢蘑菇的育種工作，特別是雜交育種工作非常困難。因此，培養新的具有遺傳多樣性的優良品種是世界雙孢蘑菇育種工作者的緊迫任務。

菌絲體白色棉絨狀。菌絲為長管狀，每個細胞間有隔膜分開，無鎖狀聯合，菌絲分枝。生產上根據菌絲體長勢分為貼生型即匍匐型、半匍型和氣生型三類。生產上使用的菌株多為半氣生型菌株。