過敏和自身免疫病雖然都是免疫相關疾病，但按照免疫學原理他們就不是一類，自然的，用以治療這兩類疾病的藥物——抗過敏藥和免疫抑制劑就不是同一類藥物。兩類藥物比較成分抗過敏藥：糖皮質激素、h1（組胺）受體拮抗劑（如氯苯那敏、氯雷他定、特非那定）、白三烯拮抗劑和一些NSAIDS（非糖皮質激素抗炎藥如阿司匹林）等；免疫抑制劑：糖皮質激素、抗代謝類（如別嘌呤醇、硫唑嘌呤、氨甲蝶呤，他們有些也屬於NSAIDS）、環磷醯胺以及一些單克隆抗體（如英夫利昔單抗、託珠單抗、阿達木單抗）等。原理特點抗過敏：過敏主要是由於機體在抵抗外部抗原時出現的炎症反應強烈了一些，引起個體感到不適，所以只需透過抑制肥大細胞釋放組胺，抑制白三烯、前列腺素生成，減少血管通透性，減少組織水腫來達到抗炎作用即可，使用後機體對外界抵抗力不會降低；免疫抑制：自身免疫病除了像過敏一樣會出現一些部位的炎症，還會有器官結構和功能的損害，此時體內的淋巴細胞開始攻擊自身，造成機體完整性的損壞，事情更嚴重一些。所以這時就不止單單抗炎就完了，還要抑制淋巴細胞對自身的攻擊，使用後機體對外界抵抗力會降低。