鐵皮石斛種子育苗是野生環境生長中主要的繁殖方式，鐵皮石斛果實成熟後，果莢裂開，種子隨風飄到新的附主上，在適宜的條件下發芽生長。受自然環境限制，鐵皮石斛種子繁殖方式，成活率非常低。

鐵皮石斛種子繁殖需要其在開花期授粉充分，所以一般的種植戶很少採用該方式，種子繁殖一般用於組培育種技術中。鐵皮石斛種子育苗即種子繁殖。種子繁殖須具備適宜溫度、適中光照、足夠的水分三個必要條件，缺一不可。目前，採用種子自然播種育苗的方法有拌鮮牛糞塗抹法、對水噴灑法、對米湯噴灑法、大棚配基質播種法和種子快速育苗的方法。

鐵皮石斛種子快速育苗是藉助高新技術手段，利用尚未充分成熟的鐵皮石斛種子(蒴果尚未開裂)，經嚴格地消毒並在無菌的條件下植入培養基中。培育過程中分為擴繁期和育苗期，經60～80天的培養，待種子萌發顯現小葉時，將其取出移植於另外的培養瓶中使其生長空間加大，待繼代苗又長滿培養瓶時，再進行擴繁，稱為擴繁期；調整培養基配方，使其生根，稱為育苗期；待根系發達，每株生長2～5根，根長2-5cm，株莖高4-8cm，取出到煉苗床上進行煉苗，待煉苗達到移栽大田種苗標準時(根系較發達)，即可移植於樹上或基質上進行大田種植。