辣椒與花椒雖都屬辛辣物，但其本質卻是完全不同的物體，二者的區別主要有：

一，屬性不同

辣椒為茄科辣椒屬植物，花椒為芸香科花椒屬於植物。辣椒為一年生或有限多年生草本植物，花椒則為落葉喬木。二者的株植區別明顯，辣椒高約40-80釐米，花椒高約7米。

二，花色不同

辣椒的花為灰紫色，花冠白色；花椒的花為黃綠色。

三，果期不同

辣椒因其株植特點一株植物可以一邊開花一邊結果，因此並沒有真正的花果分離期，所以通常的花果期為5-11月，花椒的花期為4-5月，果期為8-10月。

四，果實的外觀不同

辣椒的果實多呈長條狀，變種為燈籠狀或圓錐狀，顏色為綠色，紅色，黃色；花椒通常為紫紅色，果粒小，果皮上有許多微凸的油點。

五，作用不同

辣椒通常是被用於蔬菜或佐料，種子油可食用、果亦有驅蟲和發汗之藥效；花椒則通常被用於調味料，花椒果皮是香精和香料的原料，種子是優良的木本油料，油餅可用作肥料或飼料，葉可代果做調料、食用或製作椒茶；同時花椒也是乾旱半乾旱山區重要的水土保持樹種。