大頭菜的主要病蟲害有病毒病，黑腐病，菜青蟲，小菜蛾，蚜蟲，黃曲條跳甲等大菜忌與十字花科作物連作。

1、病毒病主要防治方法，發病初期用20%的鹽酸嗎啉胍.銅可溼性粉劑500倍液，或2%的鹽酸嗎啉胍鹽懸浮劑400~600倍的液噴施連噴2~3次，每隔7~16分以上。

2、黑腐病防治方法用72%的農用鏈黴素可溼性粉劑4000~5000倍液或75%的百菌清可溼性粉劑500~600倍液或25%的甲霜靈可溼性粉劑與50%的福美雙可溼性粉劑按1:1混合後500倍液噴施在發病初期，隔7~10天噴一次，連噴2~3次。

3、地下害蟲及線蟲，用辛硫磷溶液800~1000倍液灌根。

4、菜青蟲，小菜蛾可用錄青菊酯3000倍液。BT乳劑600倍液共負1500~2000倍液，1.8%的從坦克3000~4000倍液防治。

5、蚜蟲用10%的大工程10~15克一畝800~1000倍液進行防治，距採收前15天停止施藥。

菜青蟲危害。

敵敵畏，敵百蟲，菊酯類等殺蟲劑即可，施藥時間宜傍晚或早上。

安全點的藥劑可以用蘇雲金桿菌，白僵菌，多角體病毒等等。