1、浸泡消毒法。它是利用消毒液浸泡飲水機的各個管路，消毒液有效成分以二氧化氯、雙氧水為代表：二氧化氯成本低，但殘留不易清洗;雙氧水的殘留易清洗，但價格高。使用二氧化氯消毒時，用50～100mg/L濃度的溶液浸泡5分鐘，即可達到消毒目的;使用雙氧水消毒時，浸泡時間同為5分鐘，但濃度為1.5%。另外，甲醛、二醛等醛類消毒劑儘管殺菌能力很強，但刺激性氣味大，而且無法對飲水機的內膽、管壁、分水管道等部位進行迴圈沖洗，難以將汙物帶出，因此不向大家推薦。

2、噴淋迴圈消毒法。它是利用“高壓噴淋”的工業消毒原理，從飲水機進水口噴射消毒劑，透過高壓使消毒水流在飲水機“體內迴圈”，藥液回收後無須再用水洗，費用與浸泡消毒法相當，已受到許多飲水機生產廠商的關注。

3、釋放臭氧消毒法。在飲水機冷水腔和熱水腔內的剩水放完的情況下，將消毒插頭插在飲水機進水口處，接入臭氧發生器的膠管，開啟臭氧發生器電源，通入臭氧15分鐘。然後，開啟冷水嘴，用臭氧對冷水流通管道消毒，5分鐘後關閉冷水嘴，再開啟熱水嘴對熱水管道進行消毒。