太陽黑子其實並不是黑的，只不過太陽黑子區域的溫度比其它地方的低，所以看起來比較暗。太陽的黑子其實是一種發生在光球層的一種太陽活動，是太陽活動的最基本，也是最明顯的。太陽黑子其實是太陽表面的一種炙熱氣體的巨大漩渦，這個漩渦中的溫度要比光球層表面的溫度低1000到2000攝氏度，所以看起來太陽的表面會有一些暗色的斑點。

太陽黑子的形成與其磁場有密切的聯絡，科學家推測可能是強烈的磁場改變了某片區域的物質結構，太陽的磁場約在1000高斯到4000高斯之間，是地球磁場的10000被倍，磁場抑制了太陽內部能量透過對流的方式傳遞，使太陽內部的光和熱不能達到太陽表面，所以形成了這個低溫區域。

太陽黑子很少單獨出現，一般都是成群出現的，它的活動週期為11年，壽命短的只有1-2天，長的可以達到好幾個月。太陽黑子活躍的時候會對地球的磁場產生影響，當太陽黑子發生的時候，會出現磁暴現象使指南針亂抖動，不能指示出正確的方向。另外還會影響地球上的無線通訊，甚至會突然中斷一段時間，這些反常的現象會對飛機、輪船和人造衛星等造成威脅。