利用雜交技術檢測特異核酸序列必須使用探針。一個探針可以是能檢測互補核酸序列的簡單的DNA或RNA分子。探針必須是純淨的，而且不受其他不同序列核酸的影響。典型的探針是克隆的DNA序列或透過PCR擴增獲得的DNA。人工合成的寡核苷酸或從體外轉錄克隆的DNA序列後獲得的RNA，也常作為探針。允許使用互補的配對鹼基對靶核酸檢測，但所用探針必須是單鏈。寡核苷酸和RNA探針是自然的單鏈分子，然而,DNA分子正常情況下是雙鏈。在對靶序列雜交前，DNA分子必須變為單鏈，這一般是透過加熱使其變性而達到解鏈目的。解鏈DNA分子被迅速冷卻到只能緩慢復性的溫度以下，可使探針保持單鏈狀態。靶DNA分子的檢測要求用藥物標記，以便觀察雜交結果。探針一般用放射性同位素標記,如P32、S35、C14或H3.雜交體發出的射線，能使X光片感光而被觀察到，這稱為放射自顯影。由於放射性物質的使用，對人體有風險，使得非放射性探針有了進一步的發展。常用地高辛(DIG)標記探針，它可被用染料標記或結合有能催化底物並形成有色產物的酶的特異性抗體檢測到。DNA探針技術，又稱核酸雜交技術，其特異性強，敏感性高，是具有潛力的診斷技術之一.在寄生蟲病的診斷、現場調查及蟲種鑑定等方面均已使用了DNA探針技術。