區別一：磷脂組成不同

大豆卵磷脂的一般組成是：磷脂醯膽鹼PC(卵磷脂)25-32%、磷脂醯乙醇胺PE(腦磷脂)15-22%、磷脂醯肌醇PI(肌醇磷脂)15%左右、磷脂醯甘油PG(神經鞘磷脂)16%左右、磷脂酸PA4%左右、其他磷脂8%左右。蛋黃卵磷脂的一般組成是：磷脂醯膽鹼高達70%，磷脂醯肌醇只有0.6%。不含：磷脂酸、磷脂醯絲氨酸、N-醯基磷脂醯乙醇胺，磷脂醯甘油。

區別二：脂肪酸組成不同

蛋黃磷脂和大豆磷脂配位的脂肪酸不同：在蛋黃磷脂中R1幾乎是飽和脂肪酸，R2通常是不飽和脂肪酸，而大豆卵磷脂R1和R2是飽和酸和不飽和酸混合配位。蛋黃磷脂的脂肪酸組分大多為棕櫚酸、油酸，其次為硬脂酸、亞油酸，並且還含有微量花生四烯酸和二十二碳六烯酸等近年來備受關注的多不飽和脂肪酸及奇數碳脂肪酸(如十七烷酸)等;大豆磷脂中亞油酸約佔50%，幾乎不含C20以上的脂肪酸。

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