自然界存在多種多樣病菌，如何將這些病菌加以鑑別、分類 ，並選擇有效藥物進行治療這是很重要的問題。革蘭氏染色法，能夠把細菌分為兩大類：採用這種染色方法，是先用龍膽紫（亦稱結晶紫）來染細菌，所有細菌都染成了紫色，然後再塗以革蘭氏碘液，來加強染料與菌體的結合，再用95％的酒精來脫色20～30秒鐘，有些細菌不被脫色，仍保留紫色，有些細菌被脫色變成無色，最後再用番紅或沙黃復染1分鐘，結果已被脫色的細菌被染成紅色，未脫色的細菌仍然保持紫色，不再著色，這樣，凡被染成紫色的細菌稱為革蘭氏陽性菌（G＋菌）；染成紅色的稱為革蘭氏陰性菌（Gˉ菌）。 　　革蘭氏染色反應呈紅色（復染顏色）的細菌稱為革蘭氏陰性細菌。大多數腸道菌多屬於革蘭氏陰性菌，它們產生內毒素，靠內毒素使人致病.常見的革蘭氏陰性菌有痢疾桿菌、傷寒桿菌、大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、百日咳桿菌、霍亂弧菌及腦膜炎雙球菌等。革蘭氏陰性菌則對青黴素不敏感,可以選擇氟喹諾酮類藥物如諾氟沙星，左氧氟沙星等，也可以選擇大環內酯類比如克拉黴素、羅紅黴素等。