天然抗菌物質在植物體內的分佈具有明顯的組織專化性，傾向於集中在植物器官的外層細胞，多在液泡和細胞器內。其有效濃度取決於病原菌對植物組織和細胞的破壞程度，破壞程度越大，釋放的天然抗菌物質就越多，抗菌作用就越強。活物寄生菌對植物的破壞程度甚小，因而就得以避免抗菌物質的釋放，而死物寄生菌則相反。這類抗菌物質多數對植物也有毒害，通常在植物體內形成不具活性的糖苷，需要時，在植物活化酶的作用下，轉化為具有抗菌活性的物質。也有一些抗菌物質，例如燕麥素、番茄素等，在健康植物體內就以具有生物活性的形態存在。天然抗菌物質多具有廣譜抗菌活性。能夠成功侵染植物的病原菌，或者具有解毒作用，或者具有某種規避與耐受機制。對天然抗菌物質的解毒作用，也被認為是病原菌的一種致病因素。天然抗菌物質被認為是植物的一種被動防衛機制，但關於其抵抗特定病原菌的例項尚少。體外抑菌試驗結果，並不一定能用以證實化合物的活體內抗病作用，需要進一步採用遺傳學的或生物化學的方法加以確證。天然抗菌物質的抗病性質與程度，當然與植物基因型、植物年齡以及環境條件等諸多因素有密切關係。