大多數生物包括部分植物的有氧呼吸會被一些能與細胞色素氧化酶中的鐵原子結合的陰離子強烈地抑制。這些陰離子中以氰化物（CNi-）和疊氮物（N3-）最為有效。此外，一氧化碳（CO）也能與鐵原子形成極強的複合物而阻礙電子的傳遞和毒害呼吸作用。但是對於一些植物組織，在細胞色素氧比酶抑制劑存在時呼吸作用仍然進行，這類抑制劑對呼吸作用的影響並不大。這時的呼吸作用稱為抗氰呼吸。當細胞色素氧化酶活性受到抑制時呼吸作用仍然進行，這是由於抗氰線粒體的由子傳遞途徑中存在一條較短的電子傳遞支路。這一分支起始於泛醌輔酶Q，經黃素蛋白至末端氧化酶。這個電子傳遞支路稱為交替途徑，末端氧化酶稱為交替氧化酶。交替氧化酶對二氧化碳（O2）的親和力很高。但相對細胞色素氧化酶來說，交替氧化酶對二氧化碳（O2）的親和力稍低些。抗氰呼吸時很少或無氧比磷酸化作用。即主要是釋放熱量，而不是產生ATP。這些熱量對於促進一些植物的授粉作用有一定的生理意義。例如，許多沼澤地帶植物如天南星科植物在早春開花時，環境溫度較低，透過抗氰呼吸放熱，使花器官的溫度大大高於環境溫度，從而保證了花序的發育和授粉作用的進行。此外種子萌發初期的抗氰呼吸有促進萌發的作用。