引起燒根燒苗 不發酵的畜禽糞便施用，因為發酵不徹底，會發生“二次發酵”的現象，當發酵條件具備時，在微生物的活動下，生糞發酵：當發酵部位距根較近或作物植株較小時，發酵產生的熱量會影響作物生長，引起“燒根、燒苗”，嚴重時會導致植株死亡。 病蟲害的威脅 糞便中含有大腸菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播、作物發病，對食用農產品的人的身體健康也會產生影響：未腐熟有機物質在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害，導致植物病蟲害的發生。 產生毒氣危害 未腐熟的糞便在分解的過程中產生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷。 導致土壤缺氧 未腐熟的糞便在分解的過程中會消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性地處於缺氧狀態，在這種缺氧狀態下，會使作物生長受抑制。 肥效明顯緩慢 未發酵腐熟的糞便中養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成速效態才能被作物吸收利用。所以，未發酵直接施用會使肥效減慢。