首先要明確化學鍵和分子間作用力的區別：化學鍵存在於分子內，是將原子結合成分子的力；分子間作用力存在於分子間，是保持物質聚集狀態的力，它們本質上都是靜電引力，但大小相差好幾個數量級。氫鍵既存在於分子內又存在於分子間，但無論是哪中情況，它都不是形成分子的必要條件（破壞氫鍵只改變聚集狀態而不使分子本身發生變化），而且它只存在於少數分子之間，大小又與其他分子間作用力相近，表示時也只用虛線，表示它和化學鍵不是一個級別，因此它是分子間作用力。

氫鍵：有原子A、B、H，其中A和B具有較強的電負性，比如書上強調的F、O、N。A與H透過化學鍵相連，該鍵為極性鍵，而且由於A的電負性極大，這對電子極度偏向A，使得H周圍的電子密度急劇下降，以至於幾乎成為沒有電子環繞的裸露原子核（質子），顯正電性，而B（可能與A相同）為另外一個分子中的強電負性原子，帶有很高的電子密度，電子縣負電性，吸引成為裸露質子的H，形成了一種兩個分子之間的強引力。大小介於化學鍵和其他分子間力之間，略靠近其他分子間力，也屬於分子間力。