土壤中有腐殖質和鹽分腐殖質是動植物腐爛時產生的有機質，透過微生物作用形成複雜、較穩定的大分子有機化合物——腐殖質的過程。基本上分為兩個階段，第一階段產生構成腐殖質主要成分的原始材料，即由各種形態和狀態的有機物質組成的混合物，在微生物作用下分解為各種簡單的化合物；第二階段為合成階段，即由微生物為主導的生化過程。將原始材料合成腐殖質的單體分子，進而再透過聚合作用形成不同分子量的複雜環狀化合物。影響腐殖質形成的因素有土壤溼度和通氣狀況、溫度、土壤反應及土壤有機質碳氮比值。腐殖質化過程使土體進行腐殖質累積，結果使土體發生分化，往往在土體上部形成一個暗色的腐殖質層。腐殖質的穩定性腐殖質不斷地遭到微生物的吞食，如果沒有每年植物殘落物的增加，微生物的作用將會導致土壤中有機質的減少，而且腐殖質抵抗腐解的能力強於植物殘落物中所發現的大多數化合物。每年都新合成一些聚合物，幾月前、幾年前或更早腐解形成後，就將參於每年新的聚合物的合成，對腐殖質有機碳的研究看出，數百年前形成的腐殖質仍在土壤中，顯然，一些腐殖質能頑強地抵抗微生物的吞食，這種抵抗是重要的，因為它能保持土壤有機質水平，而且還有助保障氮和其它必需營養，這些都存在抗分解的腐殖質複合體結合中。