工業生產上常用的微生物有細菌、放線菌、酵母菌和黴菌,由於發酵工程本身的發展以及遺傳工程的介入,藻類、病毒等也正在逐步成為工業生產的微生物.

1．細菌 工業生產中常用的細菌有：枯草芽孢桿菌、乳酸桿菌、醋酸桿菌、棒狀桿菌、短桿菌、節桿菌、假單胞菌、小球菌等,用於生產乳酸、醋酸、氨基酸、核苷酸、澱粉酶、蛋白酶、脂肪酶、維生素、肌苷酸、丙酮丁醇等產品以及生物防治、細菌浸礦等.

2．放線菌 它的最大經濟價值在於能產生多種抗生素.從微生物中發現的抗生素,有60%以上是放線菌產生的,如鏈黴素、金黴素、紅黴素、慶大黴素等.常用的放線菌主要來自以下幾個屬：鏈黴菌屬、小單孢菌屬和諾卡氏菌屬等.近年來也用放線菌生產氨基酸、核苷酸、維生素和酶製劑等.

3．酵母菌 工業上常用的酵母菌有：啤酒酵母、假絲酵母、類酵母等,用於釀酒、製造麵包、製造低凝固點石油、生產酒精、脂肪酶,以及生產可食用、藥用和飼用的酵母菌體蛋白等.

4． 黴菌 工業上常用的黴菌有：藻狀菌綱的根黴、毛黴、犁頭黴、子囊菌綱的紅曲黴,半知菌類的麴黴、木黴、青黴等；它們可用於生產多種酶製劑、抗生素、有機酸、生長素及甾體激素等.