1、兩者的性質不同

碧璽是電氣石的工藝品名，是電氣石族裡達到珠寶級的一個種類，是一種硼矽酸鹽結晶體。碧璽的成分複雜，顏色也複雜多變。國際珠寶界基本上按顏色對碧璽劃分商業品種，顏色越是濃豔價值越高。

水晶是稀有礦物，寶石的一種，石英結晶體，在礦物學上屬於石英族。發育良好的單晶為六方錐體，所以通常為塊狀或粒狀集合體。

2、兩者的顏色不同

碧璽呈黑色和綠色，富鎂碧璽顯示黃色或褐色，富鋰、錳、銫碧璽顯示玫瑰紅色、粉紅色、紅色或藍色；富鉻碧璽顯示深綠色。其中以蔚藍色和鮮玫瑰紅色碧璽為上品。

水晶呈粉色、紫色、黃色，茶色等。經輻照微量元素形成不同型別的色心，產生不同的顏色，如紫色、黃色、茶色，粉色等。含伴生包裹體礦物的被稱之為包裹體水晶。

3、化學成分不同

碧璽是一種複雜的矽酸鹽，水晶是一種無色透明的大型石英結晶體礦物。水晶的主要化學成份是二氧化矽，當二氧化矽結晶完美時就是水晶；二氧化矽膠化脫水後就是瑪瑙；二氧化矽含水的膠體凝固後就成為蛋白石；二氧化矽晶粒小於幾微米時，就組成玉髓、燧石、次生石英岩。