定位克隆首先是獲取基因在染色體上的位置的資訊，然後採用各種實驗方法克隆基因和進行定位．基因的定位克隆策略大體上可以分成四個步驟．①透過家系連鎖分析資料或染色體微小缺失（雜合性丟失，LOH）等資料，確定基因在染色體上的位置；②透過染色體步移（chromosomewalking）、染色體區帶顯微切割等技術，獲得基因所在區段的DNA片段疊連群（contig），繪製出更精細的染色體圖譜；③確定含有候選基因的染色體片段；④從這些片段中進一步篩選目的基因，並作突變檢測驗證和功能分析．重組值是測交後代中重組型別所佔的比率．用於表示基因座或突變位點間的相對距離．DNA多型性是指染色體DNA等位基因中核苷酸排列的差異性．從本質上來講，多型性的產生在於基因水平上的變異，一般發生在基因序列中不編碼蛋白的區域和沒有重要調節功能的區域．對於一個體而言，基因多型性鹼基順序終生不變，並按孟德爾規律世代相傳．從以上分析看出與定位克隆有關的有重組值、DNA多型性、雜交與表型分析．而染色體顯帶技術是透過顯帶染色等處理，分辨出染色體更微細的特徵，如帶的位置、寬度和深淺等的技術．