首先定義上的不同

病菌，使人或其他生物生病的細菌，又稱致病菌或病原菌。本質上還是屬於細菌。

細菌，原核微生物的一類，是一類形狀細短，結構簡單（有細胞結構），多以二分裂方式進行繁殖的原核生物，是在自然界分佈最廣、個體數量最多的有機體，是大自然物質迴圈的主要參與者。

真菌，是一種真核生物。最常見的真菌是各類蕈類，另外真菌也包括黴菌和酵母。已經發現了七萬多種真菌，估計只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入動物或植物，現在成為自己的界，分為四門。真菌自成一門，和植物、動物和細菌相區別。真菌和其他三種生物最大的不同之處在於，真菌的細胞有含甲殼素（又叫幾丁質、甲殼素、殼多糖）為主要成分的細胞壁，和植物的細胞壁主要是由纖維素組成的不同。

微生物包括：細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、顯微藻類等在內的一大類生物群體，它個體微小，與人類關係密切。

個人理解是：細菌、真菌等等都是微生物世界中的生物，象人類一樣也需要“吃喝拉撒”病毒不同，生物的所有習性都沒有，是介於生物與非生物之間的一種“特殊”化學物質。