沙門氏菌在自然界有廣泛的宿主，少數沙門氏菌對宿主有選擇性，絕大多數對人和動物均適應，可寄居在哺乳類、爬行類、鳥類、昆蟲及人的胃腸道中，種類繁多的家養和野生動物的感染率在1%～20%以上。故各種家禽、家畜在餵養、屠宰、運輸、包裝等加工處理過程中均有汙染的機會。如家禽、家畜屠宰時的衛生條件差，腸腔的沙門氏菌就可汙染肉類。此外，肉類等也可在貯藏、市場出售、廚房加工等過程中透過各種用具或直接互相汙染，其中在零售市場購買的生肉有1%～58%汙染了沙門菌。蛋類或蛋製品的汙染來源，可以是禽類卵巢或輸尿管，也可以由糞便、肥料、泥土中的沙門氏菌穿過完整蛋殼進入蛋內。一般在許多由蛋混合製成的蛋粉或其他製品中，感染率相當高;乳類及其製品如冰淇淋、袋裝熟食等也會受到沙門氏菌的汙染。以上各種動物源性食物是引起沙門氏菌感染的最常見媒介物。以動物臟器為原料的某些生物製劑，如酶、激素、膽鹽、食用染料等偶爾也會引起感染。發展中國家常常有水源汙染造成的暴發流行，汙水灌溉、生熟不分是散發或家庭集團內流行最常見的原因。人與人的直接傳播常以護理人員的手、醫療器械為媒介，為醫院內感染或幼托機構中暴發流行的主要原因。