長達百萬言的《伯羅奔尼撒戰爭史》共8卷，它嚴格地按照編年體記事，把注意力完全集中於當時的真人真事，又詳加考核，因而記事分折，皆得要領，具有極高的史料價值。

全書共分為五部分：其中第1卷是序論，簡要追溯了早期歷史和敘述戰爭的背景；第2卷至第5卷前半部分敘述戰爭第一階段10年間的事件；第5卷的後半部分寫公元前421年尼西亞和約以後6年不穩定的和平時期；第6、7卷寫雅典的西西里遠征；第8卷敘述狄克利亞戰爭，止於公元前411年。其中第8卷屬未完成的部分，而且由於最後一個句子不夠完整，所以，人們推測修昔底德是突然死亡的。對於伯羅奔尼撒戰爭史，他只敘述到公元前411年，並沒能按最初的設想將其全部寫完，給我們的是一部殘缺之作。

這部著作詳略得當，精彩紛呈，而文筆之老練遒勁，論述之精確嚴密，皆不愧為西方史學的扛鼎之作。修昔底德的《伯羅奔尼撒戰爭史》的問世，標誌著西方史學在古希臘時代的最高成就。在撰寫這部著作時，修昔底德採取了十分嚴肅的態度和求真的精神，並提出了嚴格的史料批判原則。其著作不僅以資料翔實可靠、敘事力求公允而名垂青史，更重要的是他在書中所顯示出來的樸素唯物主義歷史觀的萌芽也是光彩奪目的，可以說這一點達到了他那個時代人類所能達到的最高水平，令人矚目。