日本原來並不叫日本。在古代日本神話中，日本人稱其為“八大洲”“八大島國”等。據《漢書》《後漢書》 記載,中國古代稱日本為“倭”或“倭國”。公元五世紀，日本統一後，國名定為“大和”。因為古代日本人崇尚太陽神，所以將太陽視為本國的圖騰。相傳在七世紀初，日本的聖德太子在致隋煬帝的國書中寫道：“日出處天子致日落處天子”，這就是日本國名的雛形。直到七世紀後半葉，日本遣唐史將其國名改為“日本”，意為“太陽昇起的地方”，其後沿用，成為日本的正式國名。《新唐書·日本傳》中有記載：咸亨元年（670年），倭國遣使入唐，此時倭國已“稍習夏言，惡倭名，更號日本。使者自言，因近日出，以為名。”此外，在漢語中，“扶桑”“東瀛”也是日本國名的別稱。

今天的日本關西地區是大陸人血統占主導地位，而關東地區則有相當數量的海島基因，但也依然以大陸人的血統為主。所以今天的日本人在血緣上與南韓人是十分接近的

根據DNA檢測，日本人與南韓人的Y染色體DNA單倍型類群，像是高比例的單倍型類群O-M176及一定比例的單倍型類群C-M130都具有極高的一致性。

單倍型類群O-M176在中國卻並不常見，因此中國和日本更多的是文化上的交流，而不是基因。