朱元璋打下天下後，建國一開始，劉基就建議朱元璋削掉這些開國元勳的兵權，但朱元璋並沒有聽從劉基的建議，這樣就得罪了這些將軍們，劉基此時已經預見到了問題的嚴重性，就和兒子一起高老還鄉，在鄉下，劉基聽說藍玉的手下都敢把縣令給打了，也是非常氣氛的，，稱他們為悍兵悍將，這時間，朱元璋天天派人給他送封賞，他也明白了朱元璋意圖，朱元璋是不會讓他離開的，所以他就回到了京城，朱元璋只給他封了個御史官。

劉基回到京城後，藍玉不會放過他的原因，還是他向朱元璋以前，所提出的削掉這些將軍兵權的建議，這些將軍害怕他再次提起，就必須讓劉基死掉，藍玉首當其衝，藍玉多次向朱元璋彈劾劉基要謀反，每一次朱元璋都對劉基做了處罰，朱元璋不相信劉基一個文官有謀反的實力，所以處罰都不太重，最嚴重的一次是罰了劉基幾個月的俸祿，劉基不得不靠賣自己的字畫才能生存。

劉基病了，這次是真病了，在病中，劉基還幻想著朱元璋去清理這些悍兵悍將，朱元璋親自去探視劉基的病情，發現劉基是真病了，其實朱元璋還是比較相信劉基的，胡惟庸去探視劉基，隨行的醫生給開了一副藥，劉基吃後不久就死了，劉基死後，才暴發了胡惟庸案件，朱元璋滅了胡惟庸和藍玉滿門。

劉基最終是死於政治鬥爭。