一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》（附件5），經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯影印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯影印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關稽核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯影印件留存備查；如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯影印件留存備查。

一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯影印件留存備查。

綜上，丟失沒有啥不得了的後果，不用慌，按規定辦就行了。除了被領導罵，沒啥後果。