主要有平衡施肥、增施有機肥和生物菌肥等。但這幾項土壤修復方法實施起來目前還各有一定的難度。

平衡施肥：根據作物的生理需求規律、土壤營養水平，基於測土測植物器官營養等手段，更合理的把握施肥時期、營養元素配比及數量，平衡植物營養，科學施肥。這是一項從根本上解決施肥問題的很科學的措施，但也是一項綜合性與專業性很強的工程性措施。對於小面積分散種植的蔬菜區域，尤其是施肥次數和施肥量很大的保護地栽培的作物，透過測土來實施該項措施，有點不現實。

增施有機肥：這是中國上千年的農業耕種傳統，儘管如今已經被很多農民“荒廢”了，但依然有不少的農民在堅持著，尤其是果樹和蔬菜種植區域。然而，這種堅持大多數情況下為了省工變成簡單的“延續”：不經過充分腐熟直接施入土壤中，不但帶來燒苗、土壤板結、鹽漬化等後遺症，重金屬超標也越來越嚴重。

補充生物菌：從理論上，給土壤補充一些有益的生物菌是一項不錯的措施。但問題是，對於已經嚴重酸化和鹽漬化的土壤，原來的微生物都難以生存，外來的就能夠適應嗎？何況補充生物菌也需要合適的菌種、合適的生產工藝、合適的使用時機和合適的使用方法等等很專業的技術支援下才行，這對農民來說就有點難了。