細菌合成代謝產物有熱原質、毒素和侵襲性酶、色素、抗生素、細菌素以及維生素。

1，熱原質：細菌合成的一種注入人體或動物體內能引起發熱反應的物質也稱致熱原。產生熱原質的細菌大多是革蘭陰性菌；

2，毒素和侵襲性酶：內毒素是革蘭陰性菌細胞壁的脂多糖；外毒素是革蘭陽性菌及少數革蘭陰性菌合成並分泌到菌體外的毒性蛋白質。侵襲性酶是細菌合成的能損傷機體組織促使細菌在機體內生存和擴散的一類酶；

3，色素：水溶性色素能彌散到培養基或周圍組織脂溶性色素不溶於水故僅菌落顯色；

4，抗生素：某些微生物代謝過程中產生的一類能殺死其他微生物或腫瘤細胞的物質。大多數抗生素由放線菌和真菌產生僅有多粘菌素、桿菌肽等少數抗生素由細菌產生；

5，細菌素：某些細菌產生的一類抗菌蛋白但抗菌範圍狹窄僅對近緣關係密切的細菌有殺傷作用。主要用於細菌分型和流行病學調查；

6，維生素：有些細菌自身能合成維生素。如人腸道的大腸埃希菌合成維生素B和維生素K能供人體吸收利用。