遲到扣工資是否合法。是沒有法律明確規定。主要依據如下：

1、遲到，屬於缺勤，只是缺勤的時間較短，遲到的時間沒有勞動，不發給報酬符合法律規定。無正當理由遲到，因為遲到導致用人單位經濟損失的，勞動者還應當賠償損失。

3、1982年國務院頒佈施行的《企業職工獎懲條例》第十一條、第十二條規定了企業的罰款權，這是中國勞動法律關係中對企業職工罰款的直接法律淵源。然而，《企業職工獎懲條例》已經在2008年1月15日廢止。就是說，2008年1月15日以後，用人單位已經不能再根據該條例的規定在規章制度中設立罰款條款了。

4、可現實中很多用人單位仍然在規章制度中賦予自己對員工罰款的權利，且這種做法還被一些法律理論和實踐所接受。理由有二：

首先，法律既要維護勞動者的合法權益，又要考慮保障企業和僱主進行正常、有效的勞動管理和企業管理，維護企業和僱主的合法權益。法律對維護職工合法權益和提高企業管理效益二者都要兼顧;

其次，勞動者肆意遲到等行為應屬於違反勞動紀律，用人單位應當有權在規章制度或企業獎懲制度中，對此類行為進行一定的處罰，以實現雙方的權利義務平等。