應付賬款與應收賬款審計時都可以使用函證的審計程式，但兩者存在許多不同之處： (1)必要性不同。一般情況下，應付賬款不需要函證，因為函證不能保證查出末人賬的應付賬款，況且註冊會計師能夠取得購貨發票等外部憑證來證實應付賬款的餘額。但是如果控制風險比較高，某應付賬款賬戶金額較大或被審單位經濟困難階段，則應進行應付賬款的函證。而應收賬款的函證是應收賬款審計中必要的且有效的方法，它可以證實應收賬款賬戶餘額的真實性、正確性，是應收賬款審計時所必須採用的審計程式之一。 (2)函證物件的選擇不同。應付賬款函證時，註冊會計師應選擇較大金額的債權人以及那些在資產負債表日金額不大甚至為零，但為企業重要供貨人的債權人。而應收賬款函證時，則應選擇那些在全部資產中所佔比例較大的應收賬款，即應收賬款餘額較大的賬戶。 (3)函證方式不同。應付賬款函證最好採用肯定方式，並具體說明應付金額。而應收賬款函證，既可以採用肯定方式，也可以採用否定方式，但一般只在個別賬戶的欠款金額較大和有理由相信欠款案可能會存在爭議、差錯或問題時採用。