《危機邊緣第三季》劇情介紹：故事始於一架即將出事的飛機。在迫降之後飛機上所有人都死於一種神秘的病毒，FBI以及各方調查組介入調查。但這只是故事的開始，接下來FBI的女特工奧利弗-鄧哈姆(Olivia Dunham)和高智商天才彼得畢舍普(Peter Bishop)將攜手面對一系列匪夷所思的可怕現象。

為了阻止危機的進一步擴充套件，他們將尋求彼得早已疏遠的父親的幫助。而他的父親沃特畢舍普博士(Dr. Walter Bishop)則一直被精神病院所收留。出院之後，三個人組成的調查小組開始對各種離奇事件進行研究。

隨著遇到的事情越來越棘手，沃特-畢舍普博士背後不為人知的一面也逐漸浮出水面。片中出現的一個名為巨能(Massive Dynamic)的前沿科技公司也跟沃特畢舍普博士頗有淵源，它的創始人曾跟他同在一個實驗室共事。

但巨能公司的詭秘行為卻不得不讓人懷疑它跟一系列神秘事件脫不開關係，不過偶爾也會為奧利弗等人提供一些幫助，這讓它的真正目的變得更加撲朔迷離