莖圓筒形，由節及節間組成。節堅硬而充實；節間中空，也有實心品種。小麥在苗期，光照階段通過後，節間才逐漸伸長（拔節）形成莖。小麥有7～16個節間，但只有上部4～6個節間伸長。節間由下而上逐節加長，最上一節稱穗下節，其長短與品種有關。莖多為綠色，有的品種帶紫色。自分櫱節長出的側莖為分櫱，能抽穗結實的分櫱稱有效分櫱，不能抽穗結實的分櫱稱無效分櫱。不同品種的有效分櫱數可為0至數十個，一般大田條件下單株穗數平均為1～2個左右。單株分櫱數的多少及成穗率的多少都與品種和栽培條件有關。由地面至穗頂的長為株高，株高主要由莖長決定。不同品種的株高可以由20cm至180cm，在中國有株高記錄的3萬餘份種質資源中，株高為70～100cm的佔45%，株高＜40cm的僅12份。目前，以矮變1號品種最矮，株高僅20cm，其他極矮稈種質還有河北省農業科學院旱作所選育的衡9352（ZM24111），南京大學生物系選育的矮吉220（ZM15128），墨西哥的Cmh79A81（MY5144）等。已定位的矮稈基因有Rht1-28（詳見McIntosh，1999）。攜帶矮稈基因Rht1和Rht2的日本品種農林10號的成功利用，對引發“綠色革命”起了重要作用。