1、位置不同果皮是果實外面的結構，指果實外殼或外皮，日常生活中說的果皮通常指的是外果皮，如蘋果最外面的為果皮。種皮是有種子的果實裡面種子的外面結構，覆於種子周圍的皮，如蘋果核內種子的外面為種皮。2、來源不同果皮由子房壁的組織分化、發育而成。種皮是由胚珠的珠被經不同程度的變化而形成。3、結構不同種皮：裸子植物和被子植物合瓣花類是由一層構成的，離瓣花類和單子葉植物是由二層構成的。由二層構成的種皮，特分為內種皮和外種皮。果皮：成熟的果皮通常可分為外果皮、中果皮、內果皮3層。但由於果實型別的不同，3層果皮變化很大。

種皮是由胚珠的珠被髮育而來，是種子外面的結構；果皮是由子房壁發育而來，是果實外面的結構。

2、部位不同

通常食用果肉部分的果實，外包果皮，內中如有種子，外面會有一層種皮。如梨的最外層為果皮，和梨核內的種子外面為種皮。

3、分類不同

成熟的果皮通常可分為外果皮、中果皮、內果皮3層，但由於果實型別的不同，3層果皮變化很大。

各植物的種皮不同，裸子植物和被子植物合瓣花類是由一層構成的；離瓣花類和單子葉植物是由二層構成的，由二層構成的種皮，特分為內種皮和外種皮。