最主要的區別是維管束，

1.木本植物莖由樹皮、形成層、木質部和髓四大部分組成；其中樹皮裡的韌皮部與形成層和木質部構成維管束，由於維管束內的特殊結構，莖也就有了支援、輸導、生長等生理功能。

2.草本植物：植物體木質部較不發達至不發達，莖多汁，較柔軟。草本植物的莖內木質部不發達，屬於草質的。莖、枝柔軟，植株較小。草本植物和木本植物最顯著的區別在於他們莖的結構，草本植物的莖為“草質莖”，莖中密佈很多相對細小的維管束，充斥維管束之間的是大量的薄壁細胞，在莖的最外層是堅韌的機械組織。草本植物的維管束也與木本植物不同，維管束中的木質部分佈在外側而韌皮部則分佈在內側，這是與木本植物完全相反的，另外草本植物的維管束不具有形成層，不能不斷生長，因而樹會逐年變粗而草和竹子就沒有這樣的本領。相比於木質莖，草質莖是更進化的特徵。

1） 一年生草本(annual) 在一個生長季節內就可完成生活週期的，即當年開花、結實後枯死的植物，如水稻、大豆、番茄等。

2） 二年生草本(biennial) 第一年生長季（秋季）僅長營養器官，到第二年生長季（春季）開花、結實後枯死的植物，如冬小麥、甜菜、蠶豆等。