不同的細胞顏色各有一些差別，不過除非是細胞帶有某類特別的色素，否則絕大多數細胞器看上去都是無色透明的。

主要原因還是因為細胞是一種非常非常非常小的結構，拿教科書上比較喜聞樂見的頭髮來作比較大概是這樣：這麼小的東西，光線照過的時候基本上是吸收不了多少的（所以任何材料磨得很薄很薄很薄總能透光）

而細胞器的話，相對於細胞就更加小的可憐了，所以基本上不可能有什麼顏色，某些有顏色的細胞，比如紅細胞，都是在整個細胞漿當中遍佈色素還體現出一些顏色，即便如此，不作任何處理直接在顯微鏡下面看也是看不清多少顏色的。所以更遑論那些色素集中在某些細胞器中的細胞了。

但是，我們平時不是可以看到許多五彩繽紛美輪美奐的生物美圖麼？比如：

其實這些都不是細胞器本來的顏色，這些都是透過免疫熒光染色技術給細胞加上的外源性熒光染料，再加上鐳射共聚焦顯微鏡等技術對這些染料進行激發並強化訊號，然後採用“偽彩色”技術給細胞的影像加上極為強烈的顏色而製作出來的。

最後PS一下，人如果變得很小的話是不可能擁有良好視覺的，這個在光學理論上就不行。