定量PCR是根據反應中的熒光訊號強度來進行定量。現在常用的探針有Taqman，SYBR等幾種。TaqMan熒光探針：PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光訊號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5"－3"外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光訊號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光訊號的累積與PCR產物形成完全同步。再透過實時監測整個PCR程序熒光訊號的積累，與標準曲線對比進行定量分析。SYBR熒光染料：SYBR熒光染料能特異性地摻入DNA雙鏈，發射熒光訊號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光訊號，這樣就保證了熒光訊號的增加與PCR產物的增加完全同步。當PCR迴圈複製時DNA雙鏈也成倍增長，同樣SYBR染料的熒光的訊號也隨之增倍，透過實時監測整個PCR程序中熒光訊號的積累，與標準曲線對比進行定量分析。