小麥黑穗病都是以種子帶菌傳播為主的病害，因此，進行種子消毒處理，基本上可以達到預防的目的。其主治方法如下：1、建立無病種子田。2、抽穗前後在田間拔除穗，帶出田外燒燬，減少病菌傳播。3、小麥黑穗病，除種子帶菌外，還有土壤和糞肥帶菌。一般可用50%多菌靈可溼性粉劑，或立克鏽按種子重量的0.2—0.3%拌種。4、浸種：每50公斤麥種用20%多菌靈0.5公斤，先用水稀釋，藥液以浸種子為宜，在20—30℃溫度下浸了3—4小時即可。5、藥劑拌種。 目前治療小麥黑穗病較為明顯的藥劑有：12％三唑醇可溼性粉劑或12.5％烯唑醇可溼性粉劑,每100千克種子用藥20-30克(有效成分)拌種；2％戊唑醇可溼性粉劑。每100千克種子用藥20克(有效成分)拌種；3％苯醚甲環唑懸浮種衣劑按 1：1000( 藥：種 )進行種子包衣；50％多菌靈、75％五氯硝基苯。每100千克種子用 藥200 ～300 克( 有效成分) 拌種；5.5％二硫氰基甲烷乳油，每100千克種子用藥1 克(有效成分) 拌種；每100千克種子用20％萎鏽靈乳油500ml拌種。