1、氣壓性損傷：在用呼吸機時由於壓力過高或持續時間較長，可因肺泡破裂致不同程度氣壓傷，如間質性氣腫，縱隔氣腫，自發性或張力性氣胸。預防辦法為儘量以較低壓力維持血氣在正常範圍，流量不要過大。 　　

2、持續的高氣道壓尤其高PEEP可影響迴心血量。使心搏出量減少，內臟血流量灌注減少。 　　

3、呼吸道感染：氣管插管本身可將上氣道的正常菌群帶入下氣道造成感染，汙染的吸痰管、器械，不清潔的手等均可將病原菌帶入下呼吸道。病原菌多是耐藥性和毒性非常強的桿菌、鏈球菌或其他革蘭陰性桿菌。當發生感染時應使用抗生素。預防方面最重要的是無菌操作，預防性使用抗生素並不能降低或延緩感染的發生反而會導致多種耐抗生素的菌株感染。 　　

4、喉損傷：最重要的併發症，插管超過72小時即可發生輕度水腫，可靜脈滴注或區域性霧化吸入皮質激素，重者拔管困難時可行氣管切開。 　　

5、肺-支氣管發育不良：新生兒及嬰幼兒長期使用呼吸機，特別是長期使用高濃度的氧吸入時可發生。