經常使用的冷庫庫房，潛伏大量的真菌、細菌、酵母 菌等致病菌，當果蔬貯藏期裸露於空間時，病菌即由傷口、皮孔等處侵入，使用前必須進行消毒，但新建庫房當年使用時，可以不進行消毒處理。冷庫的庫房消毒劑種類很多，如硫磺、甲醒、漂白粉、臭氧等。

經常使用的冷庫庫房，潛伏大量的真菌、細菌、酵母 菌等致病菌，當果蔬貯藏期裸露於空間時，病菌即由傷口、皮孔等處侵入，使用前必須進行消毒，但新建庫房當年使用時，可以不進行消毒處理。

冷庫的庫房消毒劑種類很多，如硫磺、甲醒、漂白粉、臭氧等。其中硫磺+木屑燃燒法最為常用，用量為庫容積3-58/m3，點燃後熄滅明火，發煙即可，滅菌效果好，但對庫內金屬有一定的腐蝕作用。甲醒(即醫用來蘇水)殺菌廣譜、效率高，但使用不方便，使用不當時，對人體有害。

產品保鮮工程技術研究中心，研製開發出一種新型庫 房專用消毒煙劑，使用方法是:將庫房打掃乾淨後，點燃消毒劑(內含助燃材料)發煙即可，用量3-5點燃後密封庫房4小時以上。但入庫前，一定要開啟庫門通風換氣後方能入庫。