遊戲的主要內容，除了能體驗《崩壞3》的精(bai)彩(he)劇情外，在主線關卡中還能刷出絕大多數的基礎武器、聖痕、素材以及女武神碎片，是艦長在遊戲前期(LV.1~LV.20)快速增強自身實力的地方。

主線劇情關卡分為普通、困難及噩夢三種模式，其中困難模式在完成普通難度的2-5關卡後解鎖，而難度更為誇張的噩夢模式則在完成困難模式2-20後開啟。雖然難度越高的模式消耗的體力也越多，但同時艦長可以獲得的收益也遠高於普通難度，例如更多的女武神經驗值，以及一些只有在高難度模式中才能產出的特殊掉落物，特別是女武神用來晉升的碎片只有在困難模式的關卡中才能刷出。

除了三個模式外，每章主線劇情關卡中還包含了五個隱藏的EX關卡，EX關卡的開啟條件和艦長在本章中獲得的勳章數量有關。和主線劇情關卡相比EX關卡的難度更高，除了出場敵人會獲得一些BUFF強化外，還會出現各式各樣的通關限制，十分考驗玩家的操作技術和大局觀。不過每章的第一個EX關卡都會獎勵一些對今後推圖非常有幫助的裝備，還是艦長儘可能完成這些關卡。