FAT 檔案系統原來使用在dos或win9x系列系統上的。有一系列 fat16、fat32等，每一代對最大分割槽大小有一定的限制（比如 fat16 每個分割槽最大隻支援2G）。一代一代效能逐漸提高。支援目錄結構，支援長檔名，是一個有基本功能的作業系統。

NTFS 檔案系統首先應用在 WIN NT 類的系統上。比起FAT類檔案系統最顯著的特點就是能夠設定檔案或資料夾的訪問許可權。也因此會更多的佔用磁碟空間。（比如一個100G的硬碟，使用fat能用97G，而是用NTFS只能使用91G。）該系統也比FAT有更多的安全性和穩定性，比如遇到非正常關機，他就比FAT檔案系統出錯率低。

dos win9x 系統現在都不怎麼用了。現在的windows系統也都是基於 NT技術的。因此，NTFS使用得比較廣泛。主流的作業系統包括linux都支援NTFS檔案系統。最新的ghost也支援NTFS分割槽的讀取。因此，沒有必要保留FAT32分割槽了。

目前，FAT分割槽多數用在儲存空間比較小的隨身碟等移動快閃記憶體類裝置上。這類裝置多數不需要設定讀取許可權，而且這樣既能實現基本的功能，又不會像NTFS那樣佔空間。