番木瓜果實含番木瓜鹼、木瓜蛋白酶、凝乳酶;在淡黃色的果實中含隱黃素、蝴蝶梅黃素、β-胡蘿蔔素、δ-胡蘿蔔素和隱黃素環氧化物等色素;在紅色的果實中尚含西紅柿烴。種子含異硫氰酸苄酯、番木瓜甙。番木瓜的作用：　　

①抗腫瘤作用　　

②抗菌和抗寄生蟲作用　　

④其他作用靜脈注射木瓜蛋白酶可引起組織胺釋放，延長血凝時間，發生休克。從漿汁中獲得的蛋白性物質無論試管試驗或整體試驗均有顯著的抗凝作用，在抗凝劑量時(狗，2毫克/公斤)，對心血管及呼吸系統無明顯作用，大劑量對心臟有直接抑制作用。由於過敏及引起迴腸痙攣，其治療應用仍受限制。　　番木瓜鹼可引起家兔血壓下降，對離體蛙心、兔心引起擴張期停止，使蛙後肢血管收縮，兔耳殼、腎臟、小腸及冠狀血管舒張。　　番木瓜鹼抑制腸管(貓、兔及豚鼠)及氣管(豚鼠)平滑肌，對妊娠子宮(兔及豚鼠)及正常子宮(豚鼠)，少量使之興奮，大量使之麻痺，對骨胳肌則使之麻痺。　　種子含番木瓜甙及芥子酶，前者和芥子甙類似，水解後產生刺激性揮發物。果實的漿汁對豚鼠子宮有明顯的加強收縮作用，據云種子有墮胎作用，曾用作通經劑及抗刺激劑。