系統一般分為人機會話層、聯鎖層、監控層（或稱執行層）和室外裝置層。

車站聯鎖系統以色燈訊號機、轉轍機和軌道電路作為室外三大基礎裝置，以電氣裝置或電子裝置實現聯鎖功能，並集中控制訊號機和轉轍機。

人機會話層的裝置設於車站值班室。其主要功能是車站值班員透過對其進行操作，像聯鎖層輸入操作資訊，接受聯鎖層輸出的反映裝置工作狀態和行車作業情況的表示資訊。

聯鎖層是車站聯鎖系統的核心，聯鎖層裝置設在車站訊號樓的機械室內。其功能是實現聯鎖。聯鎖層除接收來自人機會話層的操作資訊外，還接受來自監控層的反映訊號機、轉轍機和軌道電路狀態的資訊，然後根據聯鎖條件，對輸入的操作資訊和狀態資訊，以及聯鎖機構的當前內部資訊進行處理，產生相應的輸出資訊，即訊號控制命令和道岔控制命令，並交付監控層的控制電路予以執行。

監控層指聯鎖層與各個監控物件之間的控制電路這一層，其主要功能是：接收來自聯鎖層的控制命令，透過訊號控制電路改變訊號顯示；接收來自聯鎖層的道岔控制命令，透過道岔控制電路動作轉轍機，驅動道岔轉換；傳輸訊號、道岔以及軌道電路狀態資訊。