目前經常使用的載體，主要有質粒和病毒兩類。攜帶目的基因的質粒，它本身就是一種穩定而獨立的重組DNA分子。因此重組質粒進入受體細胞後，常不需要把所攜帶的基因轉到受體細胞的染色體上去，就會進行自我複製，異源性DNA也得到了複製。另外，葉綠體和線粒體DNA等作為新型運載體，攜帶目的基因進入受體細胞後，也是遊離在細胞質中。 　　除了質粒之外，噬菌體、動植物病毒等也可以作為載體。利用病毒作為基因運載體時，所攜帶的目的基因一般需要整合到受體細胞的染色體DNA中去，才能成為穩定的結構而獨立複製傳遞。例如λ噬菌體侵染細菌後，並不傷害受體細胞地和細菌擬核DNA整合到一起，隨著細菌擬核DNA複製而複製；採用農桿菌介導的遺傳轉化方法而匯入的外源基因，通常都是被整合到染色體DNA中，因此由此獲得的轉基因植物相關性狀呈孟德爾式遺傳。 　　在自然界中，SV40等致癌病毒侵染後形成的DNA就是整合到宿主細胞染色體DNA中進行復制的；HIV侵入宿主細胞後經過逆轉錄形成DNA，形成的DNA再拼接到宿主細胞的核DNA中。