電子郵箱的收發信協議主要有SMTP、POP3、IMAP三個，此外與郵件傳輸相關還有安全協議SSL。

SMTP—簡單郵件傳輸協議

SMTP可以理解為傳送郵件的“暗號”，它幫助郵件從一個計算機帶著“暗號”傳輸到下一個計算機。SMTP伺服器即遵循SMTP協議的傳送郵件伺服器，SMTP認證是指需要在提供賬號名與密碼後才可以登入SMTP伺服器，因此，在使用客戶端軟體時，增加SMTP認證可以有效避免垃圾郵件侵擾。

POP3、IMAP—標準郵件訪問協議

IMAP與POP3類似，不同的是使用者登入客戶端設定IMAP，在本地計算機儲存郵件之後，郵件仍保留在伺服器上，同時客戶端的相關操作都會同步伺服器，能夠保持瀏覽器登入與客戶端登入，看到的郵件及狀態一致。

SSL—網際網路安全協議

SSL採用通訊兩方建立加密通道以保證資料傳輸的機密，主要分作三部分：資料加密、身份驗證和資訊完整性驗證，使用者在設定客戶端時勾選SSL，郵件傳輸將進行加密，可以保證郵件內容的安全性。