不一樣，有很大的區別。主要有如下不同：

1、定義不同。紅標頭檔案是專指行政機關針對不特定的公民和組織而制發的檔案，這類檔案對公眾有約束力、涉及到他們的權利和義務，也就是法律用語所稱的行政法規、規章以外的其他具有普遍約束力的規範性檔案。（這是狹義的紅標頭檔案，也是一般人所指的紅標頭檔案）。而公函則是指是政府機關、私人機構、社團、學校或商行，在處理公眾事務時的來往信件。

2、從第一點可以看出，紅標頭檔案和公函的下發主體不同。公函的適用範圍更廣。而紅標頭檔案則只能由行政機關下發。

3、約束力不同：紅標頭檔案對於下發物件具有約束力，這個約束力是法律用語所稱的行政法規、規章以外的其他具有普遍約束力。而公函的下發方與接收方不一定有約束力，即使有，也是在行政法規和規章限定範圍內的。

4、流向不同：紅標頭檔案只能由上級發至下級，而公函則可以由個人或下級團體、社團等組織發往上級或不同行政機關。紅標頭檔案和公函的不同之處還有，不過以上四點是主要的。其他的不再贅述。